2002 年，Tim Kemp 发现 Subversion 是一个非常好的版本控制系统，但它缺乏一个好的 GUI 客户端。一个作为 Windows shell 集成的 Subversion 客户端的想法，是受类似的 CVS 客户端 TortoiseCVS 的启发。Tim 研究了 TortoiseCVS 的源代码，并将其用作 TortoiseSVN 的基础。然后他启动了这个项目，注册了域名 tortoisesvn.org 并将源代码发布到网上。

大约在那个时候，Stefan Küng 正在寻找一个好的免费版本控制系统，并发现了 Subversion 和 TortoiseSVN 的源代码。由于 TortoiseSVN 还没有准备好使用，他加入了这个项目并开始编程。他很快重写了大部分现有代码，并开始添加命令和功能，直到没有保留任何原始代码。

随着 Subversion 变得更加稳定，它吸引了越来越多的用户，他们也开始使用 TortoiseSVN 作为他们的 Subversion 客户端。用户群迅速增长（并且每天都在增长）。这时，Lübbe Onken 主动提出帮助 TortoiseSVN 制作一些漂亮的图标和 logo。他现在负责网站并管理许多翻译。

随着时间的推移，其他版本控制系统都获得了自己的 Tortoise 客户端，这导致了资源管理器中的图标叠加出现问题：这种叠加的数量是有限的，即使一个 Tortoise 客户端也很容易超过这个限制。这时，Stefan Küng 实现了 TortoiseOverlays 组件，它允许所有 Tortoise 客户端使用相同的图标叠加。现在，所有开源 Tortoise 客户端，甚至一些非 Tortoise 客户端都使用这个共享组件。